Analiz ve Kontrol Laboratuvarları Dairesi Başkanlığı bünyesinde yer alan laboratuvarlarda Kurumun görev alanına giren başta ilaçlar, biyoteknolojik ürünler, aşı ve serumlar, ileri tedavi tıbbi ürünleri, tıbbî cihazlar, vücut dışı tıbbî tanı cihazları, geleneksel bitkisel tıbbî ürünler, özel amaçlı diyet gıdalar, homeopatik tıbbî ürünler, insan vücuduna doğrudan temas eden biyosidal ürünler, kozmetik ürünler olmak üzere tüm ürünlerin in vitro ve in vivo kalite kontrol analizleri gerçekleştirilmektedir.